Manga brodé autour d'un nouvel arc du jeu vidéo éponyme, dont l'action est campée à Alola, un archipel tropical constitué de quatre îles gardées par des Pokémon légendaires. On y retrouve Soleil, un jeune coursier qui travaille d'arrache-pied dans l'espoir d'économiser 100 millions pour une raison mystérieuse. C'est pour se rapprocher de son objectif qu'il s'inscrit au "Tour des îles", une compétition visant à apaiser la colère des gardiens des îles et à ramener l'harmonie sur l'archipel en affrontant une série d'épreuves. Le héros trouvera sur sa route la maléfique Team Skull, mais également une jolie pharmacienne prénommée Lune, qui travaille avec le professeur Euphorbe sur les capacités insoupçonnées des Pokémon...