Sacha Ketchum aspire toujours à devenir un Maître Pokémon accompli et veille à perfectionner ses connaissances en voyageant de région en région. Et, voilà que le professeur Cerise lui propose de devenir son assistant de recherche dans le tout nouveau laboratoire qu'il vient d'ouvrir à Carmin-sur-Mer, où il s'emploie à étudier les Pokémon et à percer les mystères qui les entourent. Sacha y fera également équipe avec Goh, un garçon de dix ans très connaisseur, mais un peu trop sûr de lui, qui a pour ambition d'attraper un Pokémon de chaque espèce et tout particulièrement Mew, une créature très rare qu'il a entraperçue alors qu'il n'était qu'un enfant. Tout en voyageant pour parfaire leurs connaissances et s'acquitter de leurs missions, les deux héros seront amenés à contrer à plusieurs reprises les plans machiavéliques de la Team Rocket. Pour ce faire, Sacha pourra compter sur l'aide de son fidèle Pikachu...