3 septembre 1940. Jakob et les enfants particuliers sont désemparés: bien qu'ils aient réussi à arracher Miss Peregrine aux griffes des Estres, ces derniers ont administré à leur directrice un poison qui l'empêche de reprendre son apparence humaine. Or, si une Ombrune ne lui administre pas l'antidote requis dans les trois jours, elle sera condamnée à errer à jamais sous sa forme d'oiseau. La peur au ventre, les jeunes héros fuient donc l'île magique qui constituait leur seul refuge et gagnent le pays de Galles, ravagé par la Seconde Guerre mondiale. En échappant de peu aux terribles créatures lancées à leur poursuite, les jeunes voyageurs font irruption dans une boucle temporelle où une étrange ménagerie, issue de croisements animaliers biscornus, leur apprend que Miss Wren, la seule Ombrune encore en liberté, a regagné Londres afin d'aller sauver ses congénères, que les Sépulcreux ont emprisonnées dans des boucles temporelles punitives. La petite bande aura besoin des pouvoirs particuliers de chacun de ses membres afin d'affronter les terribles créatures prêtes à tout pour s'approprier leurs dons. Ce qui ne les empêchent pas de mettre à profit ces derniers en apportant de l'aide aux victimes qu'ils découvrent dans les ruines fumantes de la capitale...

Traduction de: Hollow city.