Trois agents spéciaux (Martin, seize ans, sa demi-soeur Diana et leur ami Java, un homme de l'ge de pierre), travaillant sous la supervision de Mom, directrice du Centre, ont la mission de traquer les phénomènes paranormaux. Dans ce cinquième épisode, Martin, après avoir visité en cachette une chambre forte du musée consacrée aux pirates, se retrouve sous le joug du Capitaine Cruel, un corsaire légendaire, possédant des pouvoirs surnaturels. Diana, la demi-soeur de l'adolescent, se rend rapidement compte de l'étrange comportement de son frère. Ce dernier, possédé par l'impitoyable flibustier, envoûte monsieur Crochet, le professeur d'histoire, et Java afin de constituer un équipage pour trouver le Rubis de la Rose de Sang, une pierre précieuse capable de ressusciter les pirates du monde entier.

"Série adaptée par Vincent Chalvon-Demersay, David Michel et Stéphane Berry, basée sur la bande dessinée originale "Martin Mystère" de Alfredo Castelli"--P. prélim.