L'Univers est un Ninja n'est ni plus ni moins que le récit de la création de l'Univers, vu sous l'angle le plus épique et absurde à ce jour. Des milliards d'années avant les aventures de l'Agent Jean, des personnages aussi drôles que colorés vivent la plus grande aventure de tous les temps. Un petit bonhomme timide et rêveur, ressemblant à un ninja bleu, découvre qu'il est l'être le plus important du monde et qu'il est destiné à sauver l'Univers.