Alors qu'il s'entraîne pour la Ligue d'Unys, Sacha est interrompu par la Team Rocket qui s'empare de Meloetta, un Pokémon fabuleux doté d'un pouvoir unique! Aidé de ses amis, le jeune Dresseur va devoir prendre en chasse les ravisseurs afin de sauver Meloetta, mais également la région d'Unys tout entière!