Dans un univers merveilleux où tous les animaux naissent dans des oeufs avant de prendre leur forme définitive, le jeune Momo échappe de justesse à la mort en étant sauvé par un pingouin volant, qui l'emporte dans un village où il se lie d'amitié avec Lily et Noah. Le petit oeuf rouge et fêlé espère de tout coeur se transformer en oiseau comme son bienfaiteur afin de retrouver ses parents, mais malheureusement pour lui, il devient un manchot, incapable de voler. L'ancien de l'endroit lui confie cependant qu'il peut voir son rêve se réaliser en allant rencontrer le messager du soleil, qui a le pouvoir d'exaucer les souhaits. Accompagné de ses amis, devenus une fillette blonde et un petit lion froussard, le manchot rouge part à l'aventure, mais s'il vient en aide à toutes sortes de créatures en chemin, il se retrouve également confronté à des êtres mal intentionnés et des catastrophes naturelles.