À la bien chaleureuse auberge de la Truite, le jeune Malcom, 11 ans, est habitué de voir des voyageurs rapporter le récit de leurs aventures. Plus d'un s'intéressent au don de Lyra, laquelle est encore un bébé, et à son "daemon" Pantalaimon, qui lui est intimement attaché. Jusque là, ils étaient gardés dans un couvent adjacent, mais malgré tous les mystères qui entourent la jeune enfant, le garçon, secondé de sa camarade Alice, devra tenter de sauver la fillette, au risque de la houle, sur le pont de "La Belle Sauvage", son navire.