Depuis la nuit des temps, le monde sous-marin des sirènes est protégé par trois objets magiques: la pierre de Mercure, la pierre de Vénus et la pierre de Neptune. Or, cette dernière a été dérobée par Jackomo, un redoutable pirate qui a également kidnappé Annabelle, la soeur aînée de la petite Soushi. Depuis ce soir, un mal étrange se répand parmi les créatures magiques, dont les écailles deviennent lentement bleues avant de tomber et de les empêcher de nager. Une bouteille lancée à la mer par la jeune prisonnière apprend un jour à Soushi que le joyau est enterré sur l'île des Ténèbres. Pour le récupérer et sauver sa soeur, la petite sirène aura besoin de l'aide de la marraine enchanteresse, qui a le pouvoir de lui donner des jambes pour une journée, de Sabrina, une fillette humaine en vacances dans la région, ainsi que de Berthe la crevette et Billy le requin.