À la suite de la quatrième grande guerre ninja relatée dans Naruto, le village de Konoha est entré dans une ère de paix bienvenue. Boruto Uzumaki, fils du héros de la série mère, y vit dans l'ombre de son père, 7e hokage et ninja le plus puissant du village, à qui il reproche de ne pas être présent pour sa famille. Oscillant entre révolte et colère, le jeune garçon décide un jour de préparer l'examen qui fera de lui un ninja de classe moyenne et demande à Sasuke, le rival de son père, de l'entraîner afin de découvrir les faiblesses de ce dernier et de le dépasser. D'entraînements rigoureux en missions complexes, l'adolescent ne tarde toutefois pas à réaliser que la vie de ninja n'est pas aussi simple qu'il le croyait. Ceci aux côtés de Sarada, la fille de son maître, qui est bien décidée à devenir le 8e hokage ..