Au terme de la Guerre des clones, l'Ordre Jedi a été détruit et le cruel empereur Palpatine règne désormais en maître incontesté sur la galaxie. Alors que l'Empire tente d'élargir ses frontières en conquérant des régions sauvages inconnues, situées au-delà de ses frontières, le capitaine Korda kidnappe les explorateurs Auric et Rhyssa Graf dans l'espoir de mettre la main sur leurs cartes et leurs données, très prisées par le seigneur Vador. Or, Milo et Nina sont bien décidés à retrouver la trace de leurs parents et à les libérer. Accompagnés de Morq, un singe-lézard kowakien très farceur qui est devenu leur animal de compagnie, ainsi que de CR-8R, un droïde possédant des connaissances médicales très utiles, les enfants embarquent dans l'Oiseau-murmure et se lancent dans une quête qui les conduit de jungles en plantes inconnues truffées de dangers, où ils espèrent rencontrer les rebelles qui leur viendront en aide...