La vie de la petite Madeleine a agréablement changé depuis qu'elle habite avec les gentils propriétaires du restaurant L'escargot affamé, dont elle aide secrtement à élaborer les menus. Ceci tout en poursuivant ses études et en ne ratant jamais une occasion de visiter son amie, Madame Pamplemousse. Or, l'épicerie fine de cette dernière est ici menacée de destruction par mademoiselle Fondue, le bras droit du sinistre président de la République, qui a décidé de convertir tous les musées, bâtiments anciens et restaurants indépendants de la capitale en établissements modernes gérés par des multinationales! Poursuivie par la sinistre femme, qui désire la contraindre à révéler la recette du "plus fabuleux délice au monde", Madeleine trouve refuge au Café du temps perdu, dont le propriétaire, monsieur Moutarde, est un grand ami de madame Pamplemousse. Cette dernière l'a d'ailleurs aidé à mettre au point le "Générateur papillaire de déjà-vu spatiotemporel" qui réussit, en combinant différents ingrédients sous la forme de ce qui ressemble à un petit café noir, à faire voyager dans le temps! C'est grâce à cette invention mirobolante que Madeleine se retrouve bientôt au pays des dinosaures, du Sphinx et du monstre du Loch Ness afin de récolter (en compagnie de Madame Pamplemousse et de son chat Camembert) les ingrédients farfelus entrant dans la fabrication d'une potion destinée à restaurer l'esprit de la Ville lumière avec l'aide de ses gargouilles de la cathédrale Notre-Dame...