Suite au décès de ses parents du choléra, Mary Lennox, 10 ans, fillette au tempérament irritable et à la mine peu avenante, quitte les Indes, où elle est née, pour le domaine de Misselthwaite. Son oncle Archibald Craven la prend sous son aile, mais puisqu'il s'absente régulièrement, sa nièce est bien vite laissée à elle-même, alors qu'elle est peu habituée à ce qu'on ne respecte pas ses ordres à la lettre. Pour se changer les esprits, Mary cherche un jardin barricadé dont la clé serait enterrée quelque part sur le domaine. Avec l'aide d'un rouge-gorge, elle parvient à mettre la main sur celle-ci et apprend également l'histoire d'amour de son oncle et de sa femme, dont la mort a mené à la fermeture du jardin. Voulant elle-même cultiver un bout de terre, Mary fait la connaissance de Dickon, le jeune frère d'une employée capable de parler aux animaux, et de Colin, son cousin malade qui vit reclus depuis la mort de sa mère.