On raconte ainsi l'épopée du professeur Aronnax, de son domestique Conseil et du harponneur Ned Land, qui partent en mer afin de chasser un monstre marin attaquant des bateaux. En prenant celui-ci d'assaut, ils se retrouvent par contre projetés dans l'eau et découvrent que la créature est en fait un sous-marin piloté par le capitaine Nemo. Ce dernier les entraîne dans des aventures incroyables au fond des mers, mais les trois hommes devront néanmoins trouver le moyen de s'échapper.