Lucinda la raie manta, Méla la tortue verte, Paulo le crabe décorateur, Rosine l'hippocampe, Greg le poisson-cocher et Toni le poisson-chirurgien sont les six membres du club des NCE (Nageoires et carapaces extraordinaires). Futés, intrépides et débrouillards, ils n'hésitent jamais à allier leurs forces afin de protéger la Grande Barrière de corail australienne où ils sont nés. Dans cet opus: trois rascasses se sont installées près du buisson de corail où habitent Toni et Greg, et elles comptent bien rester là jusqu'à en avoir fait leur repas. Or, ces poissons sont couverts de lames empoisonnées, si bien que presque personne n'ose s'attaquer à eux dans le récif. Comme si ce n'était pas assez, les NCE sont interpellés par Nino, un baleineau qui a perdu sa maman en fuyant des orques. La petite bande ne tarde pas à découvrir que cette dernière s'est empêtrée dans un filet de pêche en voulant sauver son petit. Réussiront-ils à la sauver en dépit des rascasses qui les pourchassent et des orques qui écument toujours les alentours? Paulo appelle à l'aide des milliers de crabes boxeurs, qui pourraient s'avérer fort utiles grâce aux anémones toxiques qu'ils tiennent dans leurs pinces...