Natsu, Lucy, Happy, Grey, Erza, Wendy et Carla de la guilde Fairy Tail s'embarquent dans une nouvelle mission hautement périlleuse. Pour ce faire, ils se rendent sur le continent de Guiltina, au nord d'Ishgar, afin d'accomplir la fameuse quête de 100 ans, lancée par Magia Dragon, la plus ancienne des guildes magiques. Nul ne sait l'objectif de cette dernière, mais on dit que son nom est tiré du fait qu'elle ne peut être réalisée en moins d'un siècle. De plus, personne n'en revient vivant, hormis Guildarts, mais le colosse a été durement amoché par l'épreuve. La petite troupe rencontre ainsi Elefseria, le dernier membre de Magia Dragon, qui leur apprend qu'ils doivent justement stopper la force destructrice de cinq dragons divins. Mais une guilde de Dragon Eaters se met également de la partie et pendant ce temps, Touka, une nouvelle recrue de Fairy Tail qui se prétend amoureuse de Natsu, soulève les soupçons de Gajil et Jubia, qui enquêtent à son sujet, mais aussi ceux de Gerald, qui la traque sans relâche.