Série inspirée du jeu vidéo éponyme mettant en scène un bambin prénommé Noir qui aspire à devenir le meilleur dresseur de la ligue Pokémon. Or, pour intégrer cette dernière, il lui faut d'abord gagner huit médailles dans différents tournois. Ce qu'il s'attache à faire avec ses fidèles Munna et Gueriaigle, ainsi qu'avec Gruikui, un Pokédex que lui a confié le professeur Keteleeria. Sa route croise bientôt celle de deux individus qui lui compliquent la tâche: Blanche, une demoiselle qui recrute des Pokémons acteurs, ainsi que le mystérieux N, qui milite pour la libération des Pokémons et leur retour à l'état sauvage...