En des temps immémoriaux, une harmonie parfaite régnait sur l'Univers, que les trois dieux créateurs embellissaient jour après jour grâce au pouvoir que leur conférait le grand A. Mais vint ce jour, il y a environ 600 ans, où les antagonistes de ces dieux créateurs provoquèrent une terrible guerre, qui mena à la destruction du puissant artéfact et de l'armée de Ninjas bleus chargée de le protéger. Depuis, le monde a cessé d'évoluer et s'effrite peu à peu sous le règne de terreur de Thémisto. Mais, c'est sans compter avec Iyo, un jeune amnésique qui découvre subitement qu'il est l'un des deux survivants de la race des Ninjas et qu'il est appelé à ramener l'harmonie et la magie dans le monde avec l'aide d'une dénommée Luna. Ceci en récupérant les six morceaux du grand A, qui ont été dispersés aux quatre coins du monde sous la forme d'objets mythiques représentant le pouvoir des créateurs.