Tom et Nadia, frère et soeur, s'égarent en mer pendant un cours de voile et voient leur embarcation happée par un tourbillon, qui les entraîne au coeur d'une étonnante cité sous-marine. Un dauphin leur apprend qu'ils seront, comme tous les visiteurs précédents, transformés en créatures marines à moins qu'ils ne réussissent à mettre un terme à la malédiction de Poséidon en réunissant les syllabes d'un mystérieux nom, qui apaisera sa colère. Pour ce faire, les héros devront résoudre des énigmes et autres exercices de logique au fil d'un parcours qui les conduit de la porte des Eaux-Fers à la Maison du dauphin en passant par le Temple des galères, le labyrinthe des coraux, le cimetière des baleines et le sous-marin Touché-Coulé.