À Chiquito, rien ne va plus. Le dictateur actuel, Baby Prinz, vient de perdre le pouvoir et doit fuir la population qui menace de les tuer, lui et son majordome. Il y a aussi un autre problème. Le vieux Marsupilami, qui est gardé captif dans le zoo depuis la nuit des temps, semble sur le point de mourir car il refuse de manger. Le Marsupilami, aidé par Bip et Sarah, iront sauver le Marsupilami malade et croiseront également le chemin du dictateur déçu et son majordome.