Alors que les Skylanders sont sur le chemin du retour pour la Skylanders Académy, Flynn le pilote découvre par hasard que Kaos, le prince déchu en personne, est à bord de leur vaisseau! Victime de l’un de ses sorts, Flynn perd la mémoire et saute de l’appareil en plein vol, laissant les Skylanders seuls aux commandes! Et ce n’est rien en comparaison du véritable plan machiavélique de Kaos : en prenant l’apparence de Weeruptor, ce dernier compte détruire la Skylanders Académy de l’intérieur...