Un samouraï espion rapporte les faits et gestes des Mini Ninjas à Ashida, qui mandate Shoko de les capturer, tout en la prévenant qu'elle sera privée de cadeau d'anniversaire si jamais elle échoue sa mission. Elle parvient ainsi à mettre la main sur Hiro et Suzume, mais Futo lui échappe et en profite pour alerter le Maître et les autres ninjas. Le grand garçon se sent toutefois responsable de la capture et de ses compagnons et lorsque Shun, Kunoïchi et Tora sont faits prisonniers à leur tour, tous les espoirs reposent sur ses larges épaules afin de déjouer Shoko et les guerriers d'Ashida.