Adaptation manga de l'univers du jeu vidéo éponyme se déroulant chronologiquement deux ans après les événements relatés dans "Pokemon version noir 1" et "Pokemon version blanche 1". L'action se déroule une fois encore dans la région d'Unys, une contrée vaguement inspirée de la ville de New York, où l'on retrouve un jeune garçon prénommé Norris. Ce dernier intègre l'École des dresseurs d'élite de Pavonnay en tant qu'agent infiltré ayant comme mission de repérer les anciens membres de la Team Plasma pour le compte des forces de police internationales, qui souhaitent capturer les sept sages. Le héros y croise la route d'une camarade, ancienne membre de la Team Plasma, qui enquête elle aussi secrètement sur ses anciens coéquipiers, parmi lesquels figure sa mère...