Dans le Paris de l'époque médiévale, Basile est sélectionné à la suite d'un concours afin d'être le nouvel apprenti de l'enlumineur Nicolas Flamel. Très rapidement, il réalise que cette profession cache sa véritable nature d'alchimiste, à travers laquelle le vieil homme s'évertue à mettre la main sur la mythique pierre philosophale. Flanqué de son hamster Margotin, Basile décide d'aider maître Flamel et Esperanza, une fillette orpheline vive d'esprit recueillie par l'alchimiste, à récupérer le précieux objet. Grâce à un livre remis à Basile par son père et une clé reçue par l'enlumineur, le trio doit répondre à diverses énigmes en chemin. Ils ne sont toutefois pas les seuls à vouloir s'emparer de la pierre, car divers ennemis comme le Masque d'Acier et Salamandre, appartenant à la Confrérie Noire, se dressent sur leur route. Épaulés par le mercenaire Fibus, leur mission est loin d'être gagnée... À travers des dessins aux teintes chaudes dont le graphisme rappelle celui des mangas, cette série d'aventure regorge d'action, de combats sans merci et d'une bonne dose de mystère. Le rôle de chaque protagoniste est clairement défini très rapidement dans l'histoire et la rivalité enfantine entre Basile et Esperanza donne lieu à des dialogues empreints d'humour et d'autodérision. Malgré quelques transitions qui manquent de finesse, de petites incohérences entre les images et le fait que certaines cases soient dépourvues d'arrière-plans, alors que d'autres sont hyper détaillées, on s'attache aux personnages et à leur quête périlleuse.