12 jeunes intègrent une nouvelle école, la Chūgakkō Académie, sur l'île de Chouwa, au Japon, dans le but de devenir des dresseurs de dragons. Tamago, Kouhai-Shu et Yume forment un trio. Sans comprendre comment, les deux garçons réussissent à discuter en langue des signes avec Yume, qui est sourde et muette. Les trois enfants sont enchantés: ils ont brillamment réussi, en équipe, les premières épreuves qui leur permettent de rencontrer le dragon qui leur est attribué. Cependant, d'étranges phénomènes se produisent lorsqu'ils sont ensemble: ils ressentent simultanément des décharges électriques. À cela s'ajoutent les cauchemars récurrents de Yume et la légende du dragon-ancêtre découverte dans un cours. C'est un ermite, croisé sur le site de l'école, qui va leur expliquer qu'ils sont liés pour mener à bien une mission visant à sauver l'habitat des dragons.